Tutorial Proteins Modelling using Modeller 9.10

 

MODELLER is used for homology or comparative modeling of protein three-dimensional structures. The user provides an alignment of a sequence to be modeled with known related structures and MODELLER automatically calculates a model containing all non-hydrogen atoms. MODELLER implements comparative protein structure modeling by satisfaction of spatial restraints, and can perform many additional tasks, including de novo modeling of loops in protein structures, optimization of various models of protein structure with respect to a flexibly defined objective function, multiple alignment of protein sequences and/or structures, clustering, searching of sequence databases, comparison of protein structures, etc.

PCR optimization

The polymerase chain reaction (PCR) is a commonly used molecular biology tool for amplifying DNA, and various techniques for PCR optimization have been developed by molecular biologists to improve PCR performance and minimize failure.

NCBI Blast search tutorial

A tutorial showing how to search for gene sequences online using the National Center for Biotechnology Information database. The video also shows how to use Blast searches to find the annealing sites for PCR primers, and to determine how to predict the size of PCR products. This was an exercise in the freshman biology course at Ashland University.

BLAST - PCR Primers Design

( http://www.abnova.com ) - Primer-BLAST was developed to help users make primers that are specific to the input PCR template. It uses Primer3 to design PCR primers and then submits them to BLAST search against user-selected database. The blast results are then automatically analyzed to avoid primer pairs that can cause amplification of targets other than the input template.

Bioinformatika (2)

Bioinformatika, sesuai dengan asal katanya yaitu “bio” dan “informatika”, adalah gabungan antara ilmu biologi dan ilmu teknik informasi (TI). Pada umumnya, Bioinformatika didefenisikan sebagai  aplikasi dari alat komputasi dan analisa untuk menangkap dan menginterpretasikan data-data biologi.Ilmu ini merupakan ilmu baru yang yang merangkup berbagai disiplin ilmu termasuk ilmu komputer, matematika dan fisika, biologi, dan ilmu kedokteran dimana kesemuanya saling menunjang dan saling bermanfaat satu sama lainnya

Ilmu bioinformatika lahir atas insiatif para ahli ilmu komputer berdasarkan  artificial intelligence. Mereka berpikir bahwa semua gejala yang ada di alam ini bisa diuat secara artificial melalui simulasi dari gejala-gejala tersebut. Untuk mewujudkan hal ini diperlukan data-data yang yang menjadi kunci penentu tindak-tanduk gejala alam tersebut, yaitu gen yang meliputi DNA atau RNA. Bioinformatika ini penting untuk manajemen data-data dari dunia biologi dan kedokteran modern. Perangkat utama Bioinformatika adalah program software dan didukung oleh kesediaan internet.

Gambar Interaksi disiplin ilmu yang berhubungan dengan Bioinformatika

Bioinformatika (1)

Secara umum, Bioinformatika dapat digambarkan sebagai segala bentuk penggunaan komputer dalam menangani informasi-informasi biologi. Dalam prakteknya, definisi yang digunakan oleh kebanyakan orang bersifat lebih terperinci. Bioinformatika menurut kebanyakan orang adalah satu sinonim dari komputasi biologi molekul (penggunaan komputer dalam menandai karakterisasi dari komponen-komponen molekul dari makhluk hidup).

Pengertian Bioinformatika "klasik"

Sebagian besar ahli Biologi mengistilahkan ‘mereka sedang melakukan Bioinformatika’ ketika mereka sedang menggunakan komputer untuk menyimpan, melihat atau mengambil data, menganalisa atau memprediksi komposisi atau struktur dari biomolekul. Ketika kemampuan komputer menjadi semakin tinggi maka proses yang dilakukan dalam Bioinformatika dapat ditambah dengan melakukan simulasi. Yang termasuk biomolekul diantaranya adalah materi genetik dari manusia --asam nukleat-- dan produk dari gen manusia, yaitu protein. Hal-hal diataslah yang merupakan bahasan utama dari Bioinformatika "klasik", terutama berurusan dengan analisis sekuen (sequence analysis).

Definisi Bioinformatika menurut Fredj Tekaia dari Institut Pasteur [TEKAIA2004] adalah: "metode matematika, statistik dan komputasi yang bertujuan untuk menyelesaikan masalah-masalah biologi dengan menggunakan sekuen DNA dan asam amino dan informasi-informasi yang terkait dengannya." 

Sequence Assembly

sequence assembly from Sandra Porter on Vimeo.

Blasting with FinchTV

Blasting with FinchTV from Sandra Porter on Vimeo.

A quick introduction to BLAST

A quick introduction to BLAST from Sandra Porter on Vimeo.

L1 What is bioinformatics?

L1 What is bioinformatics? from Sandra Porter on Vimeo.

A beginner's guide to making a phylogenetic tree

A beginner's guide to making a phylogenetic tree from Sandra Porter on Vimeo.